阿笠博士家的洗浴设备坏掉了，因此柯南、小兰和小哀一起去了浴池。柯南却在浴池里不慎滑倒并晕了过去。有两名奇怪的男子自称愿意带柯南去医院，带柯南上了他们的车。其中一名面相凶恶、纹有纹身的男子名叫龙，另一名男子虽然没有自报姓名，其身份却是传说中的杀手近藤！其实这两人来到温泉是为了完成一项隐秘的任务。他们认为柯南在怀疑他们并且已经察觉到了什么，于是决定把柯南带走并除掉。然而柯南睁开双眼时，却因为头部受到碰撞而失去了记忆。

昔日孩童时期总是一起结伴同玩的6位好朋友，在察觉到的时候，他们的关系便因各自升上了高中而疏离了。但某一天，虽然各种事物都在变化，但唯独不变的女主角本间芽衣子却突然出现在已像隐蔽青年般的主人公宿海仁太面前，虽然芽衣子说她要让仁太帮她达成愿望，但当仁太也去了解她的愿望时，却发现她的愿望只是想把昔日要好的儿时玩伴再次聚集。