身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类将陷入前所未闻的危机。以恐怖的趋势扩大感染中，天空寺尊（假面骑士灵骑）也因为感染上这种病毒，失去了变身的能力。另一方面宝生永梦（假面骑士艾克赛德）追查敌人的真面目及感染源，但那正左右他自身的命运的“重大的真实”有着连系关系。被堵住去路的艾克赛德与灵骑。谁能在这穷途末路的危机下拯救这两名假面骑士及人类们，那么，只有那些男人们。

2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。

故事发生在被天空之壁分为三区块的创骑的世界，竟然出现了艾克赛德世界的敌人——崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？面对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边被金属覆盖的神秘男人出现在他眼前。自称科学家的男人启动了巨大的机器，上空出现了倒立的另一个世界。

　　在险恶的日据时代，赛德克族被迫失去自己的文化信仰，男人须服劳役不得狩猎、女人帮佣不能编织彩衣，骁勇善战的英雄莫那鲁道（林庆台 Ching-tai Lin 饰），见证三十年来的压迫统治。因一场误会种下日警和赛德克族的紧张关係，自此族人便活在恐遭日警报复的阴霾中，忍辱负重的莫那鲁道在深思后，虽知将面临灭族危机，但他明白唯有挺身为民族尊严反击，才能成为真正的赛德克人，于是决心带领族人循着祖灵之训示，夺回属于他们的猎场……

莱克斯·卢瑟带领的末日军团遇上黑暗君主达克赛德，这次又会对正义联盟的小伙伴们造成什么麻烦呢？