自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉

29岁的冈扎罗刚刚结束了在国外的留学生涯，之后进入了布宜诺斯艾利斯大学继续深造，由于父亲的缘故，他与其导师贝穆德之间的关系十分亲近。尽管贝穆德对于冈扎罗的某些激进思想不敢苟同，但他不得不承认，冈扎罗的才华和聪敏在他漫长的执教生涯中所见不多。一宗残酷而又恶劣的奸杀案的发生吸引了冈扎罗和贝穆德的注意，冈扎罗决定将调查此案的过程作为撰写论文的材料。贝穆德也在调查此案，但随着时间的推移，他渐渐开始产生了怀疑，怀疑犯下这宗案件的罪魁祸首正是冈扎罗本人，而他的动机，不过只是为了证明自己的观点。