1960年代中期的一个夏天，《誓言无声》的故事已经过去三年了。原子弹爆炸成功以后，我国核导弹的研制也已经进入了最后阶段。敌对势力对此极为关注。台湾安全委员会所属的101和102两个特务机关，分别积极进行空中侦察和渗透破坏活动。反间谍总部受命在此期间务必采取有效措施，打击特务活动，确保核导弹研制工作的安全……

方凌轩大半辈子在新华医院从事中医药研究，平日里著书立说，颇有建树。作为人大代表，出席了全国四届人代会，并受到周总理的接见与关怀。会后，他加紧了冠心病新药的研制。女婿庄济生是四人帮在卫生部的爪牙，他对研制工作百般刁难阻挠，回到家中，方凌轩与庄济生面对面交锋，他严厉斥责女婿的极左言行，恼羞成怒的庄济生疯狂打压一切与研制新药有关的人和事。就在方凌轩感到绝望时，周总理从医院打来电话鼓励他继续研制，早一天服务于广大患者，这给方凌轩及同事极大的勇气。