武当掌门张三丰（洪金宝）为存弟子一点血脉，用毕生功力替无忌将寒毒驱除，结果惹来接班人宋青书妒忌，并联同峨眉女弟子周芷若（黎姿）对付无忌。直到明教圣女小昭（邱淑贞）的出现，张无忌终于摆脱自己的命运，先在断崖遇上高人授予“九阳神功”，随后在明教禁地练得“乾坤大挪移心法”。六大派为了歼灭明教，围攻光明顶，无忌得悉蒙古郡主赵敏（张敏）合谋各派以残杀明教之奸计，遂立即前往光明顶，奋不顾身拯救明教。论功行赏，无忌暂代明教教主一职。在迎接四大法王之一的金毛狮王（徐锦江）出任教主途中，无忌遇上另一次考验，同时更发现了武林

风起云涌，宦官弄权的明朝末期，忠臣左光斗因弹劾奸佞魏忠贤而招致杀身之祸，满门惨死于东厂的黑暗权势之下。其女左清菡怀揣奸党贪赃枉法的证据“忠蠹名册”被锦衣卫百户方涂山所救，二人在逃避东厂追杀时，幸得路过的明教五行旗总掌旗使大邱出手相助，受伤落魄的他们由此被带入与世隔绝的桃源村。朝廷一面，东厂左右千户仇士海、狄耕为了争夺东厂督主之位明争暗斗；另一面，桃源村地处偏僻，村民均为明教教徒，虽被朝廷解散却始终奉行除恶扬善教义的明教教徒们，对突然闯入的二人抱有很大的敌意，大家开始因担心陌生人的到来可能给村子带来祸患而想