《最后的99天》取材于真实的历史事件，讲述了解放前夕，在距新政协预定的会期还有99天之际，上海地下党为了争取并掩护民主人士北上参加第一届新政协会议，一对同父异母的兄弟即共产党人肖昆和国民党军官肖鹏之间，展开殊死搏斗的故事。

刘宋元嘉年间，天下积弊积弱，监国刘义康羽翼未丰，为改变时局，他暗中蛰伏，邂逅了正义善良的骊歌，两人联合智斗为害一方的士族陆家，情愫暗生。为打破士庶隔阂，刘义康联姻将门沈家，此人恰是骊歌。刘义康心怀天下，推新政以安民，拔庶族、劝学兴农等措施触及士族利益。面对士族凌威，伉俪二人联手制敌，却先后遭到氏族势力扑压，内忧外患接踵而至，刘义康被逼至绝境。骊歌始终陪伴在侧，辅佐他力挽狂澜、推行新政，两人的感情浴火弥坚，最终开创了一片盛世昌荣。