微观世界传来求助信号，喜羊羊和小伙伴们用灰太狼的发明变身成迷你小羊，坐上慢羊羊给他们的炫酷小车，去到微观世界，各展所能帮助大家解决各种各样的难题。羊羊们在冒险中也学会从不同的角度去看待世界，善待每一个小生灵。

青青草原陷入了一千年一次的蛇灾，除了喜羊羊、慢羊羊和灰太狼以外的生物全都被毒蛇王感染，变成了 毒蛇兵。为了拯救大家，两羊一狼踏上了寻找净化之水的旅程。在旅程上，大家都遭到了毒蛇兵的侵袭，险些被感染。但大家不放弃，坚持不懈，最终找到了纯净之水，救了大家。后来他们才发现，毒蛇王其实是智羊羊十年前的一个发明失败品变异而来。大家又重新过上了快乐美好的生活。