400万年前，为了逃离战乱连年的塞博坦星，被称为“微型金刚”的小型变形金刚种族驾驶宇宙船飞离了星球，然而，他们的太空船穿越时空之后，却坠落在地球上。 400万年后，一位名为雷德的地球少年和同学们不经意在太空船中发现了其中一架微型金刚，微型金刚复活的讯号也在同时传到了汽车人和霸天虎手上，为了争夺微型金刚，两军前往地球，并且继续在塞博坦星的战争......

本片是一部有喜剧色彩的惊险科幻片，美国一家研究飞行器导航系统的实验室遭非法组织洗劫，一项正在进行的物体微型缩小实验遭受破坏，原本计划注入一只兔子体内的缩小微型飞行器，被项目负责人奥兹博士在被追杀途中注入一个叫杰克·迈克的超市售货员体内。杰克有着间歇性高度兴奋的心理疾病。回到家里，杰克不仅发现有一个来自体内的声音与自己说话，与此同时还遭到不明杀手的追杀。　　注入杰克体内的，正是导航系统实验中被微型缩小的一个最尖端的飞行器，飞行器内，“叛逆宇航员”塔克正驾驶被微型缩小的飞行器在杰克体内“遨游”。通过杰克的视网

特种作战部队人员竞相发现并阻止建造由一群激进的雇佣军所造成的毁灭性微型核装置，这些雇佣军的政治信仰模糊了恐怖主义与革命之间的界限。

近未来，为了治疗现代人类越来越多、越来越严重的精神疾病，位于东京的精神医疗综合研究所开发出一种可以反映他人梦境的机器。通过微型DC的帮助，梦境在显示器上呈现出来，更方便找到一个人焦虑的症结。