《机器人原子战争》讲述的是为了弥补自己的过失，人造人博士克雷斯基让自己的孙子尤里回到过去，尤里面对爷爷亲手创造出来的人造人艾诺尔，将如何去拯救这个即将毁灭的地球.....

异次元人亚波妄想侵占地球，制造了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的导弹超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时，在惨遭破坏的大街上，有二位把自己生命置之度外的青年，他们是面包房的货车驾驶员北斗星司和护士小姐南夕子。二人竭尽全力救援遇难的人们，但终于精疲力尽倒在瓦砾中，但被艾斯·奥特曼所救。而艾斯竟然把自己的生命溶入了二人的身体中......